Di awal pandemi, Rommie Amaro, seorang ahli kimia biofisik komputasi dari University of Calfornia (UC) San Diego, AS, membantu mengembangkan visualisasi terperinci dari spike protein SARS-CoV-2 yang secara efisien menempel pada reseptor sel manusia.
Kini, Amaro dan rekan penelitiannya dari UC San Diego, University of Pittsburgh, University of Texas di Austin, Columbia University dan University of Wisconsin-Milwaukee telah menemukan bagaimana glycan, molekul yang membentuk residu manis di sekitar tepi spike protein bertindak sebagai gerbang infeksi.
Penelitian Amaro dan rekan-rekannya diterbitkan di jurnal Nature Chemistry. Dalam studi yang dipublikasikan pada 19 Agustus tersebut, dijelaskan sebuah penemuan 'gerbang' glycan yang terbuka untuk memungkinkan masuknya SARS-CoV-2.
"Kami pada dasarnya menemukan bagaimana lonjakan sebenarnya terbuka dan menginfeksi. Kami telah membuka rahasia penting tentang lonjakan cara menginfeksi sel. Tanpa 'gerbang' ini, virus pada dasarnya tidak mampu menginfeksi," jelasnya seperti dikutip dari USCDNews, Selasa (24/8/2021).
Amaro percaya, penemuan 'gerbang' ini akan membuka jalan potensial untuk terapi baru melawan infeksi SARS-CoV-2. Jika gerbang glycan dapat dikunci secara farmakologis dalam posisi tertutup, maka virus secara efektif dicegah dari membuka hingga masuk dan infeksi.
Lapisan glycan pada spike protein membantu menipu sistem kekebalan tubuh manusia karena tidak lebih dari residu gula. Teknologi sebelumnya yang mencitrakan struktur ini menggambarkan glycan dalam posisi terbuka atau tertutup statis, yang awalnya tidak menarik banyak minat dari para ilmuwan.
Simulasi superkomputer kemudian memungkinkan para peneliti untuk mengembangkan tampilan video dinamis yang mengungkapkan gerbang glycan yang aktif dari satu posisi ke posisi lain, menawarkan bagian cerita infeksi yang belum pernah terjadi sebelumnya.
"Kita sebenarnya bisa menyaksikan opening dan closingnya. Itu salah satu hal yang sangat keren yang ditampilkan simulasi ini, yakni kemampuan untuk melihat video yang sangat detail," ujar Amaro.
