Delegasi ke dua negara berbeda pandangan saat KMB berlangsung. Belanda berpendapat bahwa Irian Barat tidak memiliki hubungan dengan wilayah Indonesia sehingga menginginkan daerah itu diberikan status khusus.
Namun, delegasi Indonesia berpendapat bahwa Irian Barat merupakan bagian dari Indonesia Timur yang masuk dalam wilayah Republik Indonesia Serikat atau RIS.
Karena Belanda tetap ingin Papua bagian barat terbentuk sebagai negara sendiri, akhirnya mereka membawa masalah ini ke forum Perserikatan Bangsa-bangsa (PBB). Namun, usulan tersebut ditolak oleh Majelis Umum PBB.
Presiden Soekarno kemudian membentuk Komando Mandala untuk merebut Papua pada 2 Januari 1962. Makassar ditetapkan sebagai pusat Markas Komando Mandala.
Ia menunjuk Mayor Jenderal Soeharto sebagai komandan dari operasi militer tersebut. Setelah perjuangan panjang, Belanda akhirnya bersedia kembali berunding dengan Indonesia.
Dari hasil rundingan, terbentuk perjanjian New York. Melalui perjanjian itu, Belanda bersedia menyerahkan kekuasaannya atas Papua atau Irian Barat kepada United Nations Temporary Executive Authority atau UNITEA.
Namun dengan syarat, Indonesia harus melakukan Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera). Hasil Pepera menginginkan Papua bagian barat memilih untuk tetap menjadi bagian dari Indonesia.
Akan tetapi, satu tahun setelah pengakuan kedaulatan Indonesia oleh Belanda, perundingan mengenai status Irian Barat tidak menemui titik terang. Alhasil, Indonesia menempuh jalur konfrontasi politik dan ekonomi, di antaranya memutus hubungan Uni Indonesia-Belanda, membatalkan persetujuan KMB secara sepihak dan membentuk Provinsi Otonomi Irian Barat.
Aksi Indonesia pun dibalas dengan penguatan militer Belanda di Irian Barat. Salah satunya dengan pengiriman Kapal Induk Karel Doorman ke perairan Indonesia di wilayah timur. Hal tersebut menimbulkan ketegangan kedua hubungan diplomatik negara.
Pemerintah kemudian membentuk Komando Tertinggi Pembebasan Irian Barat (KOTI) dan Soekarno sebagai panglima tertinggi juga mengumumkan Tri Komando Rakyat (Trikora) untuk membangkitkan semangat rakyat.
Isinya, gagalkan pembentukan negara boneka Papua buatan Belanda kolonial, kibarkanlah Sang Merah Putih di Irian Barat tanah air Indonesia dan bersiaplah untuk mobilisasi umum mempertahankan kemerdekaan dan kesatuan tanah air dan bangsa.
Pada 15 Januari 1962 meletuslah pertempuran Laut Arafuru, Irian Barat. Pertempuran ini mengakibatkan Komodor Yos Sudarso gugur. Kendati demikian, pemerintah berhasil menyusupkan beberapa tentara ke hutan belantara Irian Barat untuk melakukan serangan darat.
Akhirnya, pada 31 Desember 1962, kekuasaan de jure Indonesia atas tanah Papua dimulai di bawah pengawasan PBB. Bendera Belanda juga diganti dengan bendera sang Saka Merah Putih. Papua diberikan sepenuhnya kepada Indonesia pada tanggal 1 Mei 1963.
Barulah pada 19 Desember 1969, sidang Umum PBB menerima dan menyetujui hasil Pepera. Setelah itu, Soeharto mengganti nama Irian Barat menjadi Irian Jaya.
Hal tersebut tertuang dalam Undang-undang Nomor 21 Tahun 2001 mengatur tentang Otonomi Khusus Papua, Provinsi Irian Barat atau Irian Jaya diganti menjadi Provinsi Papua. Lalu, tahun 2004, Papua dibagi menjadi dua provinsi, yaitu timur dengan tetap disebut Papua, sedangkan bagian Barat menjadi Provinsi Irian Jaya Barat atau Papua Barat.
